宝箱分布遵循着一定的区域规律，玩家可以通过多种途径来定位它们。最直接的方法是利用游戏内的地图系统，在地图上，不同种类和稀有度的宝箱会以特定的颜色和图标进行标记，方便玩家识别与追踪。除了依赖游戏内置信息，玩家自身的探索经验以及与队友的合作也至关重要，组队寻宝能有效提升发现宝箱的效率。部分宝箱的刷新位置并非一成不变，它们可能会游戏内的活动或版本更新而发生变动，因此保持对地图变化的关注是持续获得宝箱的关键。
遗迹宝箱是游戏中一类重要的宝箱资源，它们主要集中出现在各区域的水晶遗迹附近。在郁金香平原的落日遗迹、雪山的高级遗址等地，都有较高概率刷新这类宝箱。遗迹宝箱的刷新时间存在一定波动，通常在40至50分钟左右。开启这些宝箱后，玩家有机会获得木材、树脂、煤等基础资源，更有价值的是各类水晶装备的图纸以及损坏的藏宝图，这些图纸对于装备制作至关重要。寻找遗迹宝箱时，可以留意地图上标有特殊格子图标的遗迹点，在遗迹周围的凹处或特定结构旁仔细探查。
金宝箱在地图上的分布则相对广泛和分散，没有像遗迹宝箱那样集中的区域。它们可能出现在诸如面包岛的两棵大树中间、巨石与树木的交角处、房屋旁边或内部，甚至海底等多样化的环境中。金宝箱的刷新时间间隔通常在30到60分钟之间。由于位置隐蔽且分散，寻找金宝箱更需要玩家对地图细节的熟悉和耐心探索。一些已知的金宝箱坐标点可以作为搜寻的起点，例如位于巨石和大树隐蔽夹角的坐标，或是需要进入房屋二楼甚至潜入海底才能找到的宝箱。
黑曜石宝箱作为一种高级物资箱，其分布地点具有显著的特征，它们主要分布于世界各地的黑曜石遗迹屋顶上，这些遗迹在地图上常显示为黑色方块。琉光列岛的每个遗迹内通常都有一个黑曜石宝箱，其中最高处的岛屿遗迹顶端还有一个无怪物守护的宝箱。通天岛以富含黑曜石矿和宝箱而闻名，但竞争可能激烈。彩金山脉、盛宴丘陵、放逐原野、落叶山脉遗迹顶端、永夜丘陵等多个地点也都有黑曜石宝箱的刷新点。这类宝箱可以开出各种珍贵的武器和装备图纸。
罕见宝箱因其能开出远古宝石等珍贵资源而备受玩家关注，目前已知的刷新区域主要集中在深海区。具体位置包括南极星灯塔的西北方向、北极星灯塔附近（通常有两个，且周围可能有红环章鱼），以及北瞭望灯塔的右侧方向。这些宝箱在深海环境中显得格外醒目，常伴有粉色的光芒标识，但由于深海区域环境复杂且存在危险生物，寻找时需要做好充分准备。
