隐藏角色主要指代需要通过特定条件触发或特殊地点探索才能遭遇的神兽及特殊宝可梦。其中最著名的当属三圣鸟（闪电鸟、火焰鸟、急冻鸟）和超梦，它们分别位于无人发电厂深处、灯火山山顶、双子岛洞穴底层以及超梦洞窟最深处。捕捉这些神兽需提前准备高级球或特殊状态技能，如急冻鸟的冰冻光线攻击威力极大，建议使用火属性招式削弱其HP并携带防冻装备。代欧奇希斯（Deoxys）作为386号隐藏宝可梦，需通过完成特定事件或岛屿任务才能解锁，其四种形态（普通、攻击、防御、速度）各有战术价值。
游戏中期可解锁的隐藏角色还包括关都地区的三圣兽（雷公、炎帝、水君），初始选择小火龙的玩家在击败四大天王后，水君会随机出现在关东地区的草丛中。而彩虹群岛区域则隐藏着更多稀有宝可梦，例如七岛任务中需在遗迹推石头触发的安侬，以及九岛拼图完成后出现的Lv30代欧奇希斯。部分隐藏角色如洛奇亚位于第八岛右下方，需使用冲浪和潜水术探索海底洞穴，其超能+飞行双属性建议用岩石或恶系宝可梦应对。
后期隐藏内容涉及通关后的二周目要素。当图鉴收集超过60种时，大木博士会升级图鉴至386版，可返回一号岛触发新剧情。火焰山地下洞穴需击败火箭队成员获取红宝石，交给岛屿PC屋的博士后解锁四岛至七岛的探索权限。冰天王把守的瀑布洞窟内藏有07号秘传机攀瀑，而五岛火箭队基地的蓝宝石事件则需破解双重密码（またまたダマダマ和カブトはとぶか）。这些任务链最终会引导玩家发现更多传说宝可梦的栖息地。
三圣鸟中闪电鸟对电系技能抗性高，建议使用地面属性招式压制；火焰鸟弱点是岩石和水系，可配合冰系技能快速削弱；急冻鸟则需防范其冰冻效果，携带解冻药剂或火系宝可梦。超梦作为最强人造宝可梦，推荐使用恶系或虫系招式克制其超能力属性，同时备足高级球和状态异常道具。代欧奇希斯的不同形态需针对性应对，攻击形态优先解决以防秒杀，防御形态则可消耗战处理。
游戏内部分隐藏角色存在版本限定机制。火红版独占化石宝可梦镰刀盔（化石盔进化）和菊石兽，需在月见山化石二选一后到红莲岛研究所复活。而梦幻等特殊宝可梦通常需要通过任天堂官方活动或特定漏洞触发，正常流程中较难获取。幽灵塔顶层的吉拉奇和3号岛森林的雪拉比属于隐藏彩蛋性质内容，需反复探索或完成支线任务才有机会遭遇。
